La Secretaría tiene entre sus funciones dar curso a la Política Pública Departamental de la Mujer y la Equidad. Las principales funciones de la Secretaria de la Mujer y la equidad de Género:

1. Definir y dirigir los programas y proyectos de acción institucional, comunitaria y organizacional que contribuyan a la realización plena de los derechos de las mujeres y a la eliminación de todas las formas de violencia y discriminación contra éstas en el Departamento del Atlántico.
2. Definir y concertar con las mujeres y sus organizaciones, los objetivos, estrategias, proyectos y ejecución de los recursos destinados a la intervención social, focalizando sus intereses, necesidades y expectativas dentro del marco del desarrollo sostenible.
3. Coordinar y hacer seguimiento a las acciones dirigidas a la incorporación de la perspectiva de género en todos los procesos, dependencias y entidades del nivel departamental.
4. Garantizar la ejecución de proyectos que conlleven a la protección y prevención de los derechos sexuales y reproductivos de la mujeres, priorizando las poblaciones: niñez, juventud y adolescentes de las zonas rurales y urbanas del Departamento.
5. Promover el desarrollo de programas y proyectos orientados al desarrollo de la creatividad y cualidades de la mujer en los ámbitos científico, tecnológico, de investigación, artístico y cultural que potencien su desarrollo integral y se constituyan en factores para su beneficio directo.
6. Gestionar y coordinar la formulación, ejecución y seguimiento de proyectos productivos y sociales emprendidos por mujeres, buscando que sean sostenibles y autosustentables.
7. Diseñar un sistema de información sobre Género y Desarrollo que permita contar con indicadores sensibles al género que facilite la agrupación de instituciones, organizaciones no gubernamentales y gremios que trabaje por el desarrollo integral de la mujer en el Atlántico.
8. Garantizar y mejorar el acceso a las mujeres a los servicios de Seguridad Social Integral dispuestos a nivel estatal, para hacer efectiva el cumplimiento de los derechos de las mujeres constitucionalmente.
9. Realizar capacitaciones para la implementación de una cultura ciudadana en Género en el Departamento.
10. Gestionar la transferencia de recursos de entidades y organismos del nivel nacional, departamental y distrital, para el desarrollo de proyectos especiales para las mujeres en temas vitales como salud, educación, recreación, deportes y cultura.
11. Promover acciones que garanticen oportunidades efectivas de formación integral y de generación de empleo, de emprendimiento y de empresarias sociales, que permitan la apertura del mercado a nivel local, departamental y nacional.
12. Realizar las demás funciones y competencias que surjan conforme a la naturaleza de la dependencia o le sean asignadas por autoridad competente.